Головная страница ИПМ Библиотеки, издания  •  Поиск публикаций  English 
Публикация

Препринт ИПМ № 185, Москва, 2018 г.
Авторы: Руднев В.Р., Тихонов Д.А., Куликова Л.И., Губин М.Ю., Ефимов А.В.
База данных двухспиральных мотивов белковых молекул и вычислительные сервисы для их анализа
Аннотация:
Данная работа посвящена созданию базы данных структурных мотивов белковых молекул, состоящих из двух элементов вторичной структуры, имеющих уникальные укладки полипептидной цепи в пространстве. Исследуемые мотивы представляют собой пары любого типа спиралей, соединённые между собой перетяжками различной ненулевой длины и различной конформации. Для каждой структуры рассчитаны геометрические параметры. Интерфейс базы данных позволяет выполнять операции поиска, сортировки, фильтрации по всем параметрам, что дает возможность получать выборки структур с заданными геометрическими характеристиками. Также интерфейс системы позволяет проводить статистический анализ и строить гистограммы распределения различных характеристик структур в выборке. Таким образом, имеется возможность исследовать корреляцию геометрии пространственных структур исследуемых мотивов с аминокислотной последовательностью. Система позволяет выгружать полученные выборки в файловую систему в формате CSV. Формат выгрузки и набор выгружаемых данных настраиваются в интерфейсе. Выгрузка может содержать как все геометрические характеристики интересующих структур, так и соответствующие аминокислотные последовательности. Интерфейс базы данных позволяет также просматривать 3D модели интересующих структурных мотивов.
Ключевые слова:
структурные мотивы белковых молекул, база данных, спиральные пары, межспиральные расстояния, углы между осями спиралей, площадь пересечения проекций спиралей
Язык публикации: русский, страниц: 16
Направление исследований:
Математическое моделирование в актуальных проблемах науки и техники
Полный текст: Сведения об авторах:
  • Руднев Владимир Ремович,  orcid.org/0000-0001-9618-346X,  Институт теоретической и экспериментальной биофизики РАН
  • Тихонов Дмитрий Анатольевич,  orcid.org/0000-0002-1779-464X,  ИПМ им. М.В. Келдыша РАН, ИТЭБ РАН
  • Куликова Людмила Ивановна,  orcid.org/0000-0002-7293-1504,  ИПМ им. М.В. Келдыша РАН
  • Губин Михаил Юрьевич,  orcid.org/0000-0002-7982-4605,  Национальный исследовательский Томский политехнический университет
  • Ефимов Александр Васильевич,  orcid.org/0000-0002-9539-270X,  Институт белка РАН