Головная страница ИПМ Библиотеки, издания  •  Поиск публикаций  English 
Публикация

Препринт ИПМ № 171, Москва, 2018 г.
Авторы: Андреев С.С., Дбар С.А., Лацис А.О., Лихачев И.В., Плоткина Е.А., Фиалко Н.С.
Типовая структура программы одномерного моделирования динамики цепочки ДНК и ее схемная реализация
Аннотация:
Многие задачи моделирования динамики одномерных молекулярных цепочек ДНК имеют сходную и очень простую структуру циклов и зависимостей данных в расчетных формулах. В сочетании с высокой удельной вычислительной нагрузкой, это делает упомянутые задачи идеальными для ускорения счета путем схемной реализации на FPGA. Однако, как показал опыт первых таких реализаций, ошибки при попытках описать эффективные схемы такого рода на языке высокого уровня также имеют очень простой и сходный для разных задач (и разных разработчиков) характер. В нашей работе мы постарались описать приемы эффективного построения таких схем, не привязываясь к конкретной задаче моделирования.
Ключевые слова:
моделирование динамики одномерных молекулярных цепочек ДНК, FPGA, схемная реализация вычислений
Язык публикации: русский, страниц: 16
Направление исследований:
Программирование, параллельные вычисления, мультимедиа
Полный текст: Сведения об авторах:
  • Андреев Сергей Сергеевич,  ,  ИПМ им. М.В. Келдыша РАН
  • Дбар Светлана Алексеевна,  ,  ИПМ им. М.В. Келдыша РАН
  • Лацис Алексей Оттович,  ,  ИПМ им. М.В. Келдыша РАН
  • Лихачев Илья Вячеславович,  ,  ИПМ им. М.В. Келдыша РАН
  • Плоткина Елена Ароновна,  ,  ИПМ им. М.В. Келдыша РАН
  • Фиалко Надежда Сергеевна,  orcid.org/0000-0001-9850-4036,  ИПМ им. М.В. Келдыша РАН