Головная страница ИПМ Библиотеки, издания  •  Поиск публикаций  English 
Публикация

Препринт ИПМ № 11, Москва, 2017 г.
Авторы: Романенков К.В.
Метод оценки качества сборки генома на основе частот k-меров
Аннотация:
Достаточно распространена ситуация, когда результаты применения геномных сборщиков или одного сборщика с разными параметрами существенно отличаются для одних и тех же входных данных, при этом в настоящее время не существует единой методики выбора наилучшей сборки. В данной работе предложен новый метод оценки качества геномной сборки при отсутствии референса с помощью анализа частот k-меров на основе программного средства Jellyfish. Предложенный метод устанавливает соответствие между набором коротких чтений, полученных в результате секвенирования, и собранным геномом, позволяя более точно оценивать результат геномной сборки. В результате проверки метода на различных сборках организма Encephalitozoon cuniculi fungus было установлено, что в большинстве случаев предложенная методика коррелирует с референс-зависимыми метриками и позволяет корректно определять лучшую сборку. При этом не была выявлена взаимосвязь между качеством сборки и стандартными метриками.
Ключевые слова:
частоты k-меров, сравнение геномных сборок, оценка качества геномной сборки, Encephalitozoon cuniculi fungus
Язык публикации: русский, страниц: 24
Направление исследований:
Математическое моделирование в актуальных проблемах науки и техники
Полный текст: Сведения об авторах:
  • Романенков Кирилл Владимирович,  orcid.org/0000-0001-8387-5424,  МГУ им. М.В. Ломоносова, факультет вычислительной математики и кибернетики, аспирант кафедры суперкомпьютеров и квантовой информатики