Головная страница ИПМ Библиотеки, издания  •  Поиск публикаций  English 
Публикация

Препринт ИПМ № 108, Москва, 2017 г.
Авторы: Назаров В.И., Клышинский Э.С.
Графовое представление сценариев сборки последовательностей иммунных рецепторов
Аннотация:
В работе представлена новая методика для анализа данных, полученных из последовательностей иммунных рецепторов. Методика основана на применении графовых алгоритмов и позволяет рассчитывать вероятности сборки всех возможных сценариев как нуклеотидных, так и аминокислотных последовательностей иммунных рецепторов, а также проводить статистический вывод параметров вероятностной модели сборки. На момент написания работы, подобный подход применяется впервые в мировой практике. Разработанные алгоритмы для подсчета вероятностей и статистического вывода показывают гораздо большую скорость работы по сравнению с существующими аналогами. В работе приведены результаты численных экспериментов и исследована эффективность распараллеливания алгоритмов.
Ключевые слова:
статистическая иммуноинформатика, адаптивный иммунитет, Т-клеточные рецепторы, иммуноглобулины, V(D)J рекомбинация
Язык публикации: русский, страниц: 30
Направление исследований:
Математическое моделирование в актуальных проблемах науки и техники
Полный текст: Сведения об авторах:
  • Назаров Вадим Игоревич,  orcid.org/0000-0003-3659-2709,  НИУ ВШЭ
  • Клышинский Эдуард Станиславович,  orcid.org/0000-0002-4020-488X,  ИПМ им. М.В. Келдыша РАН