Головная страница ИПМ Библиотеки, издания  •  Поиск публикаций  English 
Публикация

№ 43, Москва, 2008 г.
Авторы: Усанов Н.Н., Усанов Н.Г.
Симметричные структуры в комплементарных цепях геномных ДНК и возможные алгоритмы их организации
Аннотация:
При подсчете олигонуклеотидных (N < 12) субпоследовательностей в полных текстах первой и второй цепей ДНК геномов прокариот и эукариот образуются массивы данных с высокими степенями линейной корреляции, вычисленной по Пирсону. Корреляции вырождаются при изменении алгоритма генерации последовательности комплементарной цепи и уменьшении длины обрабатываемых фрагментов ДНК. Высокая симметрия первой и второй цепей геномов обусловливается наличием в геномных ДНК большого числа комплементарных разделенных палиндромов, которые могут рассматриваться в виде совершенных, инвертированных, разнесенных повторов. В компьютерной модели, работающей по алгоритму генерации случайных повторов, а также крупноблочных делеций, поддерживающих постоянство длины трансформируемого in silico нуклеотидного текста, показано возникновение обсуждаемой симметрии цепей в матрице псевдослучайной ДНК. Авторы признательны коллегам из Института биологии Уфимского научного центра РАН, где выполнялась основная часть данной работы, и участникам школы «Будущее прикладной математики» за поддержку и обсуждение.
Язык публикации: русский, страниц: 28
Направление исследований:
Математическое моделирование в актуальных проблемах науки и техники
Полный текст: Сведения об авторах:
  • Усанов Н.Н.
  • Усанов Н.Г.