Головная страница ИПМ Библиотеки, издания  •  Поиск публикаций  English 
Публикация

№ 4, Москва, 2001 г.
Авторы: Козырева Е.Е., Кугушев Е.И., Майков А.В.
Методика математического моделирования процесса образования вторичной структуры РНК.
Аннотация:
Описывается универсальная методика ускорения вычислений в задачах математического моделирования процесса структурообразования биологических макромолекул, синтезируемых в живой клетке (нуклеиновые кислоты, белки). Развитие таких процессов определяется соотношением скорости удлинения растущей молекулярной цепи и скорости распада и образования структурных связей в ней. Вычислительная сложность моделирования здесь оценивается как N5, где N - полная длина молекулярной цепи. Задача сводится к многократному построению локально-минимального пути на ориентированном динамически меняющемся графе, описывающем возможные межструктурные переходы. Множество таких переходов для каждой вершины графа монотонно растет вместе с ростом молекулярной цепи. Это свойство позволяет снизить вычислительные затраты до N4. Проводится доказательство корректности методики, анализируются ее возможные варианты. Методика использовалась при математическом моделировании и изучении процесса образования вторичных структур рибонуклеиновых кислот (РНК) различных типов.
Ключевые слова:
математическое моделирование, вычислительная сложность, вторичная структура РНК.
Язык публикации: русский
Направление исследований:
Математическое моделирование в актуальных проблемах науки и техники
Полный текст: Сведения об авторах:
  • Козырева Е.Е.
  • Кугушев Евгений Иванович,  ИПМ им. М.В. Келдыша РАН
  • Майков А.В.